離開德思禮家 一開始食死人們在馬份家商量陰謀，佛地魔殺死了霍格華茲的麻瓜研究學博倍奇教授。
哈利回到德思禮家後，說服德思禮一家在巫師的保護下離開，離開前達力感謝哈利之前令他免於被催狂魔所吻。鳳凰會在夜裡搶在佛地魔之前接到哈利，一行人包括花兒、榮恩、妙麗等都以變身水變成哈利，並由其他巫師護送。海格護送哈利。途中與食死人發生戰鬥，哈利的貓頭鷹嘿美死於索命咒，瘋眼穆敵在戰鬥時從高處墜下死了，另外石內卜施咒令喬治失去了一隻耳朵。哈利在對食死人下咒時，無意間讓食死人認出他是真身，食死人立即通知佛地魔，讓他親自飛來殺死哈利，但在危急關頭，哈利來到東施父母的家（先前已由鳳凰會設置保護罩），哈利安全地由東施父母家逃到洞穴屋。
哈利生日當天，魔法部部長盧夫·昆爵來到衛斯理家，給了他們三人鄧不利多生前留下的遺物，熄燈器留給了榮恩；妙麗得到一本魔法世界的童話故事書《吟遊詩人皮陀故事集》；哈利得到的是他生涯第一場魁地奇比賽勝利時抓到的金探子以及高錐客·葛來分多的寶劍，但盧夫·昆爵認為高錐客·葛來分多的寶劍屬於霍格華茲而非鄧不利多，所以不將它交予哈利。三人冥思苦想仍然想不通這些鄧不利多留給他們的「遺物」的作用，尤其是金探子，上面隱藏著「I open at the close」，但他們怎樣也無法開啟金探子。
第二天是花兒和比爾的婚禮。在婚禮上，大家收到了一個驚人的消息：佛地魔在短時間內控制了整個魔法部，並殺了盧夫·昆爵。三人立刻離開婚禮，來到了一間麻瓜的咖啡館，正當他們以為自己安全的時候，卻被尾隨而來的兩個食死人襲擊。雖然三人打敗了食死人，但爲了尋找一個安全的藏身之所，三人來到古里某街12號，躲進布萊克家族的屋宅中。
尋找分靈體在天狼星家中，三人研究小金匣的假分靈體時，發現R.A.B.正是天狼星的弟弟獅子·阿爾發·布萊克（Regulus Arcturus Black）。被R.A.B替換走的小金匣可能就在這個屋宅裡，三人就在家中尋找分靈體。最後他們詢問怪角，怪角才說蒙當葛偷走了小金匣，於是哈利派怪角去找蒙當葛，但他卻說早就把那個分靈體給了魔法部的恩不里居了。為了取得小金匣，哈利三人混入由佛地魔幕後操控的魔法部。三人在尋找分靈體的過程中，發現現在的魔法部已經完全改變了，所有麻瓜出身的巫師都被迫害囚禁。這期間，哈利發現穆敵的魔法眼睛被恩不里居偷走了，於是他因不忍恩不里居擁有穆敵唯一的遺物，趁機拿走了這隻眼睛，並且在審判麻瓜出身的巫師的法庭打敗了恩不里居，奪到了她掛在身上的分靈體。同時，魔法部裡被迫害囚禁的麻瓜出身巫師們被三人解放出來，並鼓勵他們暫時逃離這個國家。但是因為這次行動，三人在古里某街12號的藏身處被發現了，於是他們再也不能繼續待在那裡，逃到了鄉下樹林裡，東躲西藏，不敢在一個地方停留。經過這段東奔西走的躲藏生活，三人在途中偵查和探索，以及和他人的對話中得知，那把留在學校的葛來分多的劍是假的，而真的劍不知去向。同時榮恩在同畫像中的天狼星的曾曾祖父非尼呀·耐吉詢問時得知，這把葛來分多的劍最後一次使用的時候，正是被鄧不利多用於摧毀上一個分靈體－剛特的戒指。
在逃離魔法部後，哈利三人發現小金匣內的分靈體會影響人的心智，所以三人需輪流將小金匣帶在身上。這期間，榮恩卻因被小金匣影響，懐疑自己和哈利的友情及哈利和妙麗的感情，榮恩與哈利發生了激烈爭吵，他離開了哈利和妙麗。因為這件事，導致二人一度陷入悲傷的境地中，他們不願意提起榮恩的名字。聖誕節前夕，哈利和妙麗一同前往高錐客洞去尋找關於鄧不利多的信息。
來到了高錐客洞－哈利父母去世的地方、也是鄧不利多失去家人的地方。他們先去了哈利父母的墓地和曾經住過的家，那裡依然保持了16年前的樣子，還有人們來祭奠過的痕跡。在這裡，他們意外的遇到了鄧不利多生前的朋友、《魔法史》與《霍格華茲，一段歷史》的作者巴堤達·巴沙特。爲了瞭解更多信息，並因爲受她的指引，三人隨她到了她家中。在那裡，三人發現了一張黑巫師葛林鐸華的照片，就是那位鄧不利多在1945年打敗的黑巫師，此人曾一度是巴沙特的親戚，而且還是鄧不利多幼時短暫的朋友。沒想到巴堤達·巴沙特其實是佛地魔的蛇娜吉妮化成的。他們只得慌忙地逃出高錐客洞，但妙麗在對抗娜吉尼時不小心弄斷了哈利的魔杖。
在逃跑數天後，一隻雌鹿形狀的護法突然出現在哈利面前，帶著他找到了藏在森林湖水裡的葛來分多劍。哈利在拿劍的過程中，史萊哲林小金匣分靈體試圖拖住哈利，將他困在水裡，幸好榮恩及時出現，趕到湖邊，救下快要被淹死的哈利，並且將劍取出水面。哈利請榮恩把分靈體毀掉。榮恩和哈利的友情和好了。
死神聖物妙麗很生氣榮恩離開，不過榮恩表示當他一離開他們之後，就想回來，但是沒辦法。妙麗在鄧不利多給她的童話書中看到葛林鐸華標誌，這正是比爾婚禮當日，露娜的爸爸辛農菲力厄斯·羅古德胸口佩帶的襟章。因此他們決定計畫去見辛農菲力厄斯·羅古德，仔細詢問他關於葛林鐸華標誌是什麼，這個標誌在這次途中一次又一次地出現。在羅古德的家中，三人得知葛林鐸華標誌其實是死神聖物（Deathly Hallows）的標誌，來自一個古老的巫師的童話故事：三兄弟在面對死亡之神的時候，曾分別受到過三件魔法禮物，一隻威力最強大的長老魔杖（Elder Wand），代表線型；一塊能將看到已故的人的石頭－－重生之石（Resurrection Stone，暫譯），代表圓形；第三個則是一件隱形斗篷，可以不被死亡看見，代表三角形。哈利最後想通自己擁有那件隱形斗篷就是傳說中的第三件寶物，而重生之石可能放在鄧不利多給的金探子裡，不過妙麗卻覺得這根本是童話故事，不值得相信。可是不久後他們發現，辛農菲力厄斯·羅古德因為在《謬論家》公開要大家幫助哈利，導致了露娜被抓去。露娜的父親認為可以把握這次機會，將哈利交給食死人，讓他的女兒被釋放。三人勉強逃脫了追殺他們的黑巫師，但是因為聽了那個故事，哈利相信他們需要找到強者魔杖，用以打敗佛地魔。
幾個星期後，三人仍然沒有找到魔仗或任何分靈體的線索，流亡途中，他們聽到榮恩帶來收音機裡播放的名為《波特的視界》（Potterwatch，暫譯）的節目，向人們播報外界發生什麼事，讓大家知道事實，而其實主持和來賓都是鳳凰會的人，而主持人就是李·喬丹。但是哈利在一次憤怒中，說出了『佛地魔』這個字，暴露了位置而被狼人焚銳·灰背抓住，帶到了馬份家。原來在那裡『佛地魔』這三個字早就被敵人下咒，因為只有對抗佛地魔的人才會如此稱呼他。在馬份家，妙麗被貝拉·雷斯壯抓住折磨，逼問她是怎樣找到葛來分多劍的（因為她認為劍在她的古靈閣保險庫裡），另外被關在地下室的哈利和榮恩意外的在那裡見到了丁·湯瑪斯、古靈格的妖精拉環、奧利凡德，還有露娜。哈利在天狼星留給他的鏡中看到和一隻和鄧不利多一樣的藍色眼睛，他對鏡子求救，隨後多比突然出現，哈利要他先帶丁、奧利凡德和露娜到比爾和花兒家。
多比再次回來時被發現，蟲尾應聲而來，被哈利和榮恩拖住制服，因爲蟲尾對哈利的一點仁慈，被那隻佛地魔給他的人造手指反撲殺死了他自己，蟲尾因此帶著對波特夫婦的愧疚而死去。哈利和榮恩和多比一起衝上樓去救妙麗。可是多比為了救他們，中了貝拉的匕首而死，而其他人則趕往比爾和花兒家。在安葬了多比後，哈利決定要請妖精幫忙去盜竊古靈閣裡貝拉的保險庫，因為猜測有分靈體被藏在那裡，但妖精要葛來分多劍作為回報。哈利又詢問了魔杖製造師奧利凡德關於長老魔杖的事情。在妥善的計劃後，妙麗變身為貝拉，榮恩也經過偽裝，哈利和妖精一道藏身隱形斗篷下面，一起去到古靈閣金庫。他們設法穿過保護，找到了一個分靈體－赫夫帕夫的杯子，但這時，妖精背叛了他們，搶奪葛來分多劍，拋下他們就逃跑了。
在緊急關頭，哈利、榮恩和妙麗偷偷騎上火龍背上，最後順利脫逃。不過佛地魔覺察到哈利的目標是他的分靈體，所以他決定要全部檢查一次。哈利從佛地魔的想法中，得知還有一個分靈體在霍格華茲，而且是雷文克勞的遺物。他們決定必須立即返回霍格華茲，趕在佛地魔發現他的分靈體不見之前。三人在活米村遭遇到了食死人，阿波佛·鄧不利多（阿不思·鄧不利多的弟弟）正好出現，救了他們。此時他們知道，哈利從天狼星的鏡子裡看到的是阿波佛的眼睛，而多比亦是他送去的。阿波佛打開了一條秘道給他們通往霍格華茲，在那裡他們看到了奈威在那裡等候他們，奈威告訴他們學校已經被食死人佔領。
第二次霍格華茲之戰進入霍格華茲後，哈利要大家幫忙想有什麼雷文克勞的遺物，而露娜告訴他可能是雷文克勞生前所遺留的皇冠。哈利和露娜到雷文克勞的交誼聽去看皇冠，不過遇到接管霍格華茲的食死人卡洛斯(Carrows)兄妹，也遇到麥教授，並告訴她佛地魔即將到來，而麥教授立即指揮全部學生到大廳集合。最後她宣佈學生從萬應室的秘密通道撤離，較年長的可以留下來戰鬥，鳳凰會的成員們也在之前到達。同時，榮恩和妙麗再度進入消失的密室，找到當年被哈利殺死的蛇怪之毒牙，並把另一件分靈體－赫夫帕夫的金杯摧毀。在食死人戰鬥中的時候，哈利記起曾在萬應室裏見過皇冠。三人之後再到萬應室，但卻遇到了馬份、克拉和高爾。克拉在戰鬥中錯誤發射了一個咒語燃起Fiendfyre--被詛咒的火，使房間內的物件全部著火，一發不可收拾。哈利等人最後逃離了房間，並救起了馬份和高爾，但克拉來不及逃出而消失在火焰中，至於雷文克勞之冠也在大火中被毀滅。
在哈利在佛地魔的思想中探索過後，三人到達了活米村的尖叫屋，並發現佛地魔命令娜吉妮殺死石內卜。佛地魔相信透過殺死石內卜，便能得到長老魔杖的控制權（因為石內卜殺死了長老魔杖的前任主人鄧不利多）。石內卜奄奄一息時發現了哈利，並在死前把自己的記憶傳遞給他。哈利回到校長辦公室，把石內卜的記憶放到儲思盆裏，並發現了石內卜因為對莉莉·伊凡的愛，石內卜自始至終都忠於鄧不利多。之前當鄧不利多在摧毀剛特的戒指後身負重傷、幾近法力全失且生命受到威脅時，是石內卜幫他精心調配魔藥醫治的，但是鄧不利多卻也只剩下不到一年的性命，因此鄧不利多也要求石內卜在適當的時候親手殺死自己，以博取佛地魔的信任。而石內卜亦因對莉莉·伊凡的愛，不斷地保護著哈利，那個帶著哈利找到葛來分多之劍的雌鹿護法，就是石內卜的。最後哈利發現自己身上存有一絲佛地魔的靈魂，因而領悟到，自己仍然生存在世上的話，佛地魔便無法被殺死。
在這場戰役中，雷木思·路平、小仙女·東施、弗雷·衛斯理、柯林·克利維等約五十人戰死。哈利準備到禁忌森林去面對佛地魔，接受他的命運。在離開前，他告訴奈威·隆巴頓一定要把娜吉妮殺死。在走到禁忌森林的邊緣時，哈利突然想起鄧不利多給他的金探子，終於明白「open at the close」的意思，於是他想著自己快要死亡，打開了金探子，並發現重生之石藏在裏面。在進入森林之時，詹姆、莉莉、天狼星和路平的靈魂出現，並帶給他勇氣。當他看到佛地魔後，丟下了重生之石，被佛地魔的「啊哇呾喀呾啦」咒殺死。在哈利死後，發現自己身處王十字車站，並於車站再遇見鄧不利多。鄧不利多告訴哈利，佛地魔附在他身上的分靈，在佛地魔殺死哈利時就已經被消滅，而哈利自己還是可以選擇繼續生存，因為佛地魔曾憑依哈利的血才得以重生，而他的靈魂有母親的血咒保護，所以哈利不會死亡。同時，鄧不利多也給哈利選擇「走下去」，或是回去消滅佛地魔這兩個選擇。結果哈利選擇了後者，因此返回現實世界。
哈利回到森林後，看見佛地魔讓馬份的母親－水仙檢查哈利是否真正死去，水仙得知馬份無恙後，向佛地魔撒謊道哈利已死。佛地魔其後命令被俘的海格抱著哈利的「屍體」回到霍格華茲慶祝和示威。回到城堡後，眾人見到哈利的屍體後紛紛陷入崩潰，而佛地魔便順勢要脅眾人加入食死人的行列。佛地魔想讓純正巫師血統出身的奈威也加入食死人之列，但他奮力反抗，此時分類帽突然從城堡飛出來，佛地魔便打算毀滅它，使霍格華茲從今以後只剩下史萊哲林一個學院。同時，雙方的援軍也到達，再次展開一場大戰。在混亂的戰鬥中，哈利穿上了隱形斗篷；奈威從分類帽裏抽出隱藏的葛來分多之劍，消滅了佛地魔的最後一個分靈體－妖蛇娜吉妮；茉莉·衛斯理殺了貝拉·雷斯壯；最後哈利再度現身於眾人前，並與佛地魔正面對峙。哈利在對峙中，告訴佛地魔他的身上流有哈利的血，而另一方面，哈利亦保護大家而死過，不會讓佛地魔再殺死其他人。另外，哈利亦說出馬份才是長老魔杖的主人，因為是馬份解除鄧不利多的武裝，而石內卜只是執行了鄧不利多的命令，所以當哈利戰勝馬份時，他已成爲魔杖的主人。兩人決鬥時，佛地魔手中的長老魔杖不願殺死魔杖之主的哈利，當佛地魔發射「啊哇呾喀呾啦」咒後，卻逆向擊中自己，佛地魔因此死亡。在一切結束後，哈利、榮恩和妙麗離開瘋狂慶祝的群眾，到了校長室去晉見鄧不利多的畫像。 鄧不利多表示，如果當初他是死於自然而不是死於戰鬥的話，長老魔杖便會失去它獨有的強大魔力。哈利使用長老魔杖修復了自己本來的魔杖，然後將它放回鄧不利多的墓地。在三樣聖物中，哈利保留了隱形斗篷，而正如童話三兄弟中所說，這是最正確的選擇。
後記後記講述從霍格華茲第二戰役之後的未來19年（公元2017年）所發生的事情：
哈利波特和金妮·衛斯理結婚並養育了3個兒女，分別是長子詹姆 (James) 、次子阿不思·賽佛勒斯（Albus Severus）與小女兒莉莉（Lily），分別以哈利的父親、鄧不利多、石內卜、哈利的母親的名字命名；妙麗·格蘭傑和榮恩·衛斯理結婚並也生了2位兒女，分別是長女蘿絲（Rose）和長子雨果（Hugo）。這兩對夫婦同時在王十字車站的9又4分之3車站月臺送子女們上學去。莉莉的年齡尚未達到學齡，而哈利的次子－阿不思·賽佛勒斯是今年入學的新生，詹姆是葛來分多學院的學生，已上學多年。
哈利、金妮、榮恩和妙麗往車站對面看到了跩哥·馬份，也看到了他的妻子以及他們的獨子史考賓(Scorpius)。雖然哈利及榮恩很清楚佛地魔及食死人已被徹底被擊敗，但他們與馬份之間的關係卻沒有多大改變。詹姆看到泰迪·路平（Teddy Lupin）正在與維克多兒·衛斯理（Victoire Weasley）親吻。泰迪是雷木思·路平與小仙女·東施的遺子，也是哈利的教子；維克多兒則是比爾·衛斯理與花兒·戴樂古的女兒。奈威·隆巴頓已成為霍格華茲的藥草學教授。分類帽在十九年前的戰鬥中存活了下來，現在它或許已經被維修，也可能已經被其他物品取代了。
自從佛地魔被擊敗之後，這19年之中，哈利的傷疤再也沒發痛過了，一切都再好不過。
補充其後羅琳補充，哈利、榮恩和妙麗三人皆在魔法部工作。哈利是正氣師總部部長，而妙麗是在魔法執法局。之前他們雖然一直不滿魔法部，但他們所加入的魔法部早已今非昔比，因為他們革新了魔法部，令它成為「一個非常好的地方」，「他們開創了新天地」（而魔法部長則是由金利·俠鉤帽擔任）。至於古怪的露娜·羅古德，羅琳表示：「我想她現在正四處遊歷，嘗試找尋瘋狂的生物。」羅琳認為，「思想開放的她很有可能真是發現一些前所未見的東西」。至於霍格華茲則換了新校長及黑魔法防禦術教授。羅琳沒有交代哈利、榮恩和妙麗是否重返霍格華茲完成七年級的學業，但她說哈利不時會回霍格華茲講授黑魔法防禦術。
找到的分靈體主條目：分靈體在本書中，有五個分靈體因被發現而摧毀，分別為史萊哲林的小金匣、赫夫帕夫的金杯、雷文克勞的皇冠、哈利波特本身(仍然生存，但體內的分靈體被消滅）和妖蛇娜吉妮。另外兩個分靈體，包括剛特的戒指和瑞斗的日記，已經分別在《哈利波特－混血王子的背叛》和《哈利波特─消失的密室》中被摧毀。
